シナリオ A：新設法人 — 設立時から報酬を支払う

税務届出と社会保険の加入を設立と同時に行います。報酬金額の決定期限は設立日から3か月以内。設立届出書と給与支払事務所等の開設届出書を一緒に提出するのが一般的です。

シナリオ B：既存法人 — 初めて報酬の支払いを開始する

株主総会（社員総会）の決議が必要です。3か月の期限は当期の事業年度開始日から起算します。すでに期限を過ぎている場合、翌事業年度の開始を待つか、損金不算入を承知で支払いを開始する必要があります。社会保険は最初の報酬支払日から5日以内に届出。

初年度の取り扱い

報酬支払い開始の初年度は、前年の給与データが存在しないため、特別徴収は行われません。取締役は自分で「普通徴収」（ふつうちょうしゅう）として4回の分割払いで住民税を納付します。翌年1月31日までに「給与支払報告書」を市区町村に提出すると、翌年の6月から特別徴収が開始されます。

住民税のサイクル

住民税の特別徴収は6月〜翌5月のサイクルです。毎年1月31日に「給与支払報告書」を提出→5月に市区町村から「特別徴収税額決定通知書」が届く→6月から翌5月まで毎月の給与から天引き→翌月10日までに市区町村に納付。従業員10人未満の場合、半年ごとの特例納付も利用可能。[27]

給与計算

毎月の計算項目：総支給額→源泉所得税の天引き（源泉徴収税額表による）→社会保険料の天引き→住民税の天引き（2年目以降）→手取り額。freeeの人事労務（ひとり法人プラン）で無料自動化が可能。[15][24]

源泉所得税の納付

通常：翌月10日まで（毎月）。納期の特例あり：年2回（1月〜6月分は7月10日、7月〜12月分は翌年1月20日）。e-Taxでのオンライン納付が可能。[6]

社会保険料の納付

年金事務所から毎月届く「保険料納入通知書」に基づき、翌月末日までに納付。口座振替の設定を強く推奨。